No es posible eliminar todo tipo de módulos, no puede eliminar los módulos codificados para hojas de trabajo, gráficos y ThisWorkbook. En estos módulos tienes que eliminar el contenido en lugar del módulo en sí:

Sub DeleteModuleContent(ByVal wb As Workbook, _

ByVal DeleteModuleName As String)

' deletes the contents of DeleteModuleName in wb

' use this if you can't delete the module

On Error Resume Next

With wb.VBProject.VBComponents(DeleteModuleName).CodeModule

.DeleteLines 1, .CountOfLines

End With

On Error GoTo 0

End Sub

Ejemplo:

DeleteModuleContent ActiveWorkbook, "Sheet1"